I appreciate Your patience.
On my second OMV3 at home I do have the same trouble.
There should be some issue I did on both machines ???
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BEFORE in /etc/apt.sources.list:
deb http://debian.netcologne.de/debian/ jessie main
#deb-src http://debian.netcologne.de/debian/ jessie main
deb http://security.debian.org/ jessie/updates main contrib non-free
#deb-src http://security.debian.org/ jessie/updates main contrib non-free
# jessie-updates, previously known as 'volatile'
deb http://debian.netcologne.de/debian/ jessie-updates main contrib non-free
#deb-src http://debian.netcologne.de/debian/ jessie-updates main contrib non-free
========================
NOW:
deb http://debian.netcologne.de/debian/ jessie main contrib non-free
deb http://security.debian.org/ jessie/updates main contrib non-free
deb http://debian.netcologne.de/debian/ jessie-updates main contrib non-free
=========================
apt-get install linux-headers-amd64:
Ign file: InRelease
Ign file: Release.gpg
Ign file: Release
Ign file: Translation-de_DE
Ign file: Translation-de
Ign file: Translation-en
Ign http://debian.netcologne.de jessie InRelease
OK http://debian.netcologne.de jessie-updates InRelease
OK http://security.debian.org jessie/updates InRelease
OK http://debian.netcologne.de jessie Release.gpg
OK http://debian.netcologne.de jessie Release
Holen: 1 http://debian.netcologne.de jessie-updates/main amd64 Packages/DiffIndex [6.916 B]
OK http://debian.netcologne.de jessie-updates/contrib amd64 Packages
(...)
Holen: 42 https://dl.bintray.com jessie/main Translation-en
Holen: 43 https://dl.bintray.com jessie/main Translation-de_DE
Ign https://dl.bintray.com jessie/main Translation-de_DE
Holen: 44 https://dl.bintray.com jessie/main Translation-de
Ign https://dl.bintray.com jessie/main Translation-de
Holen: 45 https://dl.bintray.com jessie/main Translation-en
Ign https://dl.bintray.com jessie/main Translation-en
Es wurden 374 kB in 1 s geholt (207 kB/s).
Paketlisten werden gelesen... Fertig
root@fs:~# sudo apt-get install linux-headers-amd64
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut.
Statusinformationen werden eingelesen.... Fertig
Einige Pakete konnten nicht installiert werden. Das kann bedeuten, dass
Sie eine unmögliche Situation angefordert haben oder, wenn Sie die
Unstable-Distribution verwenden, dass einige erforderliche Pakete noch
nicht erstellt wurden oder Incoming noch nicht verlassen haben.
Die folgenden Informationen helfen Ihnen vielleicht, die Situation zu lösen:
Die folgenden Pakete haben unerfüllte Abhängigkeiten:
linux-headers-amd64 : Hängt ab von: linux-headers-4.9.0-0.bpo.1-amd64 ist aber nicht installierbar
E: Probleme können nicht korrigiert werden, Sie haben zurückgehaltene defekte Pakete.