Dateien die als root in der Shell kopiert wurden sind in SMB/FTP etc. nicht sichtbar

Hallo Gemeinde,
stehe vor einem kleinem bezüglich meiner Verfügbarkeit der Daten im Netzwerk.
Folgendes Szenario:

- Rechner als OMV-Hauptserver (im Moment mit Tastatur und Monitor)
- intern 3 Festplatten verbaut (werden im SMB-Netzwerk erkannt) Ordner usw. können angelegt werden...
- externe USB-Platte hängt am USB-Port (alles einwandfrei)

um nun die Dateien von der USB-Platte auf eine interne zu kopieren, nutze ich die Konsole (als root), lege meine Mountpoints an, usw.
Das alles funktioniert eiwandfrei, die Dateien werden kopiert und sind auch von der Konsole aus aufrufbar.
Wenn ich jetzt allerdings die Platten unmounte, den Rechner neustarte, in der OMV-Weboberfläche wieder alles einbinde,
dann sehe ich nur diejenigen Dateien die auch schon vorher da waren. Von den neu kopierten keine Spur?
Wie kann das?
Achja, bin eher der Konsolen-Fan, und das mit dem USB-Backup hab ich nicht so wirklich gerafft in der WEB-Oberfläche.
Hoffe Ihr könnt mir helfen.
Grüße

Hallo cabrio_leo,
erstmal danke für deine Hilfe,
hab die Rechte mal angeschaut, werde aber so wirklich nicht schlauch daraus.
Hier mal ein Auszug von shellinabox:
Habe die Rechte von Ordner test über CLI auf 777 gesetzt, Ordner bleibt aber weiterhin unsichtbar.
Sorry für das Bild im Anhang, hab nicht gefunden wie ich einen Auszug aus Shellinabox hier rein kopieren kann.

Was ich noch festgestellt habe ist folgendes:
Dateien die vorher schon auf der Festplatte(ext4) waren und auf einem anderen Linux-System als
root gespeichert wurden sind ebenfalls nicht sichtbar, als wenn es eine andere Ebene wäre.
Werd die Tage mal versuchen ein anderes OS als Basis zu installieren und OMV dann als Zusatz laufen zu
lassen.
Grüße